2016年夏天，曼城主帅瓜迪奥拉正式上任并引进布拉沃作为门将，将乔哈特放弃。在中卫位置上，瓜迪奥拉看中了当时的尤文图斯核心博努奇。博努奇回忆道：“2016年，我和曼城几乎谈妥了。他们报价近1亿英镑，但我决定留下。2017年，当尤文图斯挂牌出售我时，我们也进行了谈判……但最终事情没有发展起来。”

虽然博努奇错失加盟瓜迪奥拉执教曼城的机会，但他表示：“被瓜迪奥拉执教是一项伟大的成就，他会让我进步。我不能抱怨，因为我赢得了很多奖杯、个人奖项和欧洲杯。我总是听从内心，这就是我留在尤文图斯的原因。”

根据博努奇的技术特点，曼城开出天价转会费也属情理之中。博努奇虽然一对一防守能力一般，但他具备出色的防守预判与精准的出球能力，插上助攻和组织传球都是顶级水准，完美适应瓜迪奥拉的传控战术体系。可惜最终未成。

求购博努奇失败后，曼城将目光转向当时22岁效力于埃弗顿的斯通斯，并以4750万英镑成功引进。尽管斯通斯在曼城的表现不稳定，但上赛季他在后腰位置上发挥出色，成为瓜迪奥拉所需阵型中不可或缺的一员，并为曼城赢得英超、足总杯和欧冠联赛三冠王做出了贡献。

实际上，博努奇拒绝加盟曼城也有他的苦衷。2016年，他的儿子马特尔患上脑肿瘤，在8月接受了开颅手术。为了家庭，博努奇拒绝了瓜迪奥拉和曼城的邀请，选择留在意大利踢球，尽管后来离开尤文图斯，但他只选择加盟同在意甲的AC米兰。值得一提的是，博努奇向都灵的CittàdellaSalute医院捐赠了12万欧元，帮助意大利度过新冠流行时期，而该医院也是他的儿子接受手术并康复的地方。无论在职业生涯中遇到争议还是在生活中的表现，博努奇始终是个优秀的人。